中共温州市纪委温州市监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部（网络信息办公室）、研究室（法规室）、党风政风监督室、信访室（申诉复查室）、案件监督管理室（追逃追赃室）、第一至第六监督检查室、第七至第九审查调查室、案件审理室、信息技术保障室、纪检监察干部监督室、机关党委。
此外，设有温州市廉政教育中心。设有中共温州市纪委温州市监委派驻纪检监察组。
各内设职能部门及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草市纪委市监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关对外联络工作；负责机关后勤管理和服务工作等。
组织部：负责全市纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；按照干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导全市纪检监察系统干部培训工作；负责机关离退休干部工作等。
宣传部（网络信息办公室）：负责组织协调全市全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育、网络信息以及廉洁文化建设工作;负责机关的对外宣传、新闻事务和有关网络信息工作。
研究室（法规室）：负责综合分析全市全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究;起草重要文件文稿;负责提出全市纪检监察制度建设规划、计划和规范性文件制定建议;起草全市纪检监察规范性文件;参与起草相关规范性文件;负责纪检监察法规制度的请示咨询、解释答复、规范性文件出台后评估、备案审查、清理等。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、落实全面从严治党主体责任情况监督检查、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作、推动管党治党政治责任落实等。
信访室（申诉复查室）：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告;受理党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对市监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请，承办需要由市纪委市监委办理的申诉、申请复审、复核案件;综合分析全市信访举报情况;接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室（追逃追赃室）：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理、监督检查全市纪检监察机关依纪依法安全办案情况；负责贯彻落实党中央、省委、市委关于加强反腐败追逃追赃和防逃的决策部署;承担全市反腐败国（境）外追逃追赃和防逃、防止非法资金外流工作的组织协调;承担市委反腐败领导小组办公室和市委反腐败领导小组国际追逃追赃工作办公室日常工作等。
第一至第六监督检查室：主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系单位（地区）领导班子及市管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况;监督检查联系单位（地区）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任，实施问责;向监察对象所在单位提出监察建议;综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见或移交审查调查室;综合、协调、指导联系单位（地区）及其系统的纪检监察工作等。
第七至第九审查调查室：主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议;向监察对象所在单位提出监察建议;可以办理县级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理乡镇（街道）级监察机构管理范围内的监察事项等。
案件审理室：负责审理市纪委市监委直接审查调查的党纪政务案件，司法机关、行政执法机关等移交需要市纪委市监委追究党纪政务责任的案件，下一级党委、纪委报市委、市纪委批准或者备案的党纪案件;指导全市案件审理工作等。
信息技术保障室：负责对全市纪检监察机关开展业务工作提供技术支持、保障、服务;负责市纪委市监委机关综合查询平台的运行、管理;根据工作需要，利用综合信息查询平台查询，协助做好信息数据的技术分析;负责市纪委市监委机关办案装备的使用管理，建立健全信息查询、办案装备使用规章制度等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查全市纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
机关党委：负责机关和直属单位党群工作。
中共温州市纪委温州市监委派驻纪检监察组：中共温州市纪委温州市监委驻市委办公室纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市人大机关纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市政府办公室纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市政协机关纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市委组织部纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市委宣传部纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市委统战部纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市委政法委机关纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市发展和改革委员会纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市教育局（市委教育工委）纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市财政局纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市住房和城乡建设局纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市交通运输局纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市卫生健康委员会纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市政府国有资产监督管理委员会纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市市场监督管理局纪检监察组组、中共温州市纪委温州市监委驻市综合行政执法局纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市中级人民法院纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市人民检察院纪检监察组、中共温州市纪委温州市监委驻市公安局纪检监察组、温州市委直属机关纪检监察工作委员会、中共温州市纪委温州市监委派出浙江温州海洋经济发展示范区纪检监察工作委员会、中共温州市纪委温州市监委派出温州湾新区纪检监察工作委员会、中共温州市纪委温州市监委驻温州银行股份有限公司纪检监察组。